Нет такого понятия "московская родословная". Родословную выдают кинологические организации: РКФ, СКОР, Добрый мир и т.д. Головные офисы всех этих организаций находятся в Москве, поэтому родословные по-любому оформляются в Москве, даже если это осуществляется через региональные клубы.

Это хорошо, что Вы заранее задумались о том, как оформить помет. По этому вопросу лучше всего проконсультироваться с Вашим заводчиком, а заодно и по вопросу стоит ли вообще пускать в разведение Вашу собаку. Собственно, если у Вас добросовестный заводчик, то может оказать помощь по всем вопросам от подбора пары до продажи помета. Если же Вы потеряли связь с заводчиком, то лучше подъехать в какой-нибудь питерский клуб с документами собаки, там Вам объяснят порядок оформления пометов. А вообще советую сто раз подумать прежде чем заниматься разведением - это очень нелегкий труд.