Конечно, будет! Если вы все время принуждаете ее к такой в принципе нестрашной процедуре и постоянно вгоняете в стрессовое состояние, то дальше будет все хуже и хуже. И, кстати, предложенное "за рычание по башке" только усугубит ситуацию.
Видимо, где-то в самом начале вы ошиблись, испугали, боль ей причинили - теперь исправляйте свои ошибки, а не "по башке".
Попробуйте набраться терпения и реально многократно, т.е. по несколько раз в день, просто дотрагиваться до когтя или даже пальца - не хватая, не удерживая собаку. Дотронулись - хвалить и вкусняшку, и так многократно. Потом чтобы когтерез рядом находился, просто чтобы она его видела при дотрагивании. Потом когтерезом касаться... И хвалить и угощать обязательно! Рано или поздно привыкнет. Может, совершенно безмятежной реакции на стрижку вы и не дождетесь, но хоть вырываться и рычать на вас не будет... 

https://www.youtube.com/watch?v=YINzasHOsL0
Вот видео, примерно также, как Вы пишите. На 10 раз касания когтерезом - один раз отрезаем. Корм лучше класть в противоположную сторону, чтобы собака не видела, как стрегут. Стричь когти лучше чаще и срезать понемногу 2-3 мм, чтобы не повредить кровеносный сосуд.
У самого опыта нет, так как и собаки нет Читаю, изучаю, делюсь найденным... Надеюсь поможет.

важнее начать с основы - пресекать проявления недовольства через рык и тп. Обезвредить собаку ведь очень просто, я кладу свою за бок, предварительно дав обнюхать ножницы, на первых порах фиксировал двумя пальцами под челюстью  (необходимость в этом отпала практически сразу), стригу, переворачиваю, прикармливаю