Будет. Наш хулиган время от времени писает на свои подстилки. Так и не поняла с чем это связано.
У нас тоже была такая история, потом муж сделал из дерева ему лежак на ножках, мы постирали лежак и положили на новый деревянный и только тогда он понял, что это его место,а не пеленка. Пеленки резко в один день убрали, когда ему было месяцев 5. Стали чаще водить на улицу и когда там писал, то давали вкусняшку и хвалили. Если дома ходил,то говорили, что это плохо, но не наказывали, а интонацией давали понять, что не в том месте написал.